从农民军扬眉吐气地进入北京，天下唾手可得，到兵败之后即将退出，前后不过一个来月。时局变化如此之大，后果又是这样令人沮丧，这一切，难道不是三桂勾引清军造成的吗？自成对三桂痛恨已极，不能有半点宽恕，他要使三桂的叛变付出血的代价。二十七日，他把三桂的继母祖氏、弟弟、妹妹及其族人共三十四口全部处死，尸体丢在王府二条胡同。吴氏家族被杀人口，有说38口，有说50余口，有说30余口。可信说法当是34口。【见《庭闻录》，卷1、《甲申核真略》，36页、《国榷》，卷101，6079页。】
昔日的吴氏大家族遭到了灭顶之灾，仅三桂和他的一个哥哥吴三凤幸免。正是：
全家白骨成灰土，
一代红妆照汗青。【《圆圆曲》】
清、吴联军大败李自成，“已得破竹之势”，而三桂事先已给至北京沿途各州县发去通告，令他们归降，不得阻碍。这些州县无力抵抗，乖乖听命。清军一路顺利，所过之处，无不迎降。【吴晗辑：《朝鲜李朝实录中的中国史料》上编，卷58，3728页。】
二十八日，三桂率所部进至近畿，传檄远近，通告人们，他的“义军”不日就要进入北京，他要求“降贼诸臣反正自赎”【《平寇志》，卷11，245页。】。城内城外，人心更加惶惶，那些士绅们暗暗高兴，盼望三桂早日入城。原先他们提心吊胆，害怕抢掠轮到他们身上，纷纷逃出京城南下，三桂的檄文使他们镇定下来，停止出走，只等三桂来。已降农民军的明朝官员也准备摇身再变，向三桂投靠。
北京局势呈现混乱状态。李自成不愿因三桂的逼近而打乱他即位的计划，命刘宗敏、李过、李岩等出城拒战，唐通为先锋，合各军连营十八座，阻止吴军入城。三桂挥兵进击，后有清军陆续赶到，兵锋甚锐。两军接战，农民军又遭失败，连失八座营寨，据称：伤亡二万人，唐通被刺落马，刘宗敏等败退入城。【《平寇志》，卷11，245页。】
二十九日，这是农民军在北京的最后一天，也是农民军入城的第四十天。清、吴军的先头部队已经进入北京郊外，李自成毫不理会，毅然即位，在武英殿举行即位典礼，追尊七代祖妣为帝后，由天佑阁大学士牛金星代行祭天礼。时间紧迫，即位仪式草草结束，立即着手撤退。令全军整束行装，收拾宫中尚未运完的宝物，随军带走。午后，用马骡驮薪木运至内殿，用车辆把大量硝磺、桐油等易燃物散放在薪木之上。接着，发出通告，令百姓出城。霎时，城内到处人喊马叫，一片混乱。约到夜里十时左右，自成下令放火、发炮。硝磺、桐油一见火，腾地一声，转眼之间，星星之火已变成烈焰，被引着的薪木发出劈里啪啦的声响。炮弹击中宫殿，倒塌声震天动地。宫城九门雉楼及大部分宫殿笼罩在火海之中。城外草场也被点燃，火光熊熊，与宫中大火相映，火光烛天，照耀得如同白昼……【《平寇志》，卷11，248页；《国榷》，卷101，6079页。】
农民军对统治阶级的愤怒，皆付于这大火之中。他们就要离开这座曾使他们欣喜，又使他们沮丧的都城，他们不能把用民脂民膏筑成的巍巍宫殿留给新的统治者享用，宁可把它化为灰烬，来表示他们的抗议！
三十日，天蒙蒙亮，宫中大火继续在燃烧，李自成挟太子、两王从容出齐化门，刘宗敏等继其后，撤出北京，留原降将左光先及谷大成率万名骑兵殿后。
农民军刚出齐化门，忽见烟尘滚滚，眼睛被迷得难以睁开；马蹄相撞，坐骑不稳，又听得不远处喊杀声，人马受惊，队伍一阵大乱。原来，三桂见城中火起，侦察到农民军将要向西撤退，便在西山设疑兵，搜求数千个酒罂，里面装入石灰，乘夜埋在齐化门外的大道上，每隔数尺埋两个酒罂，上面覆盖浮土。李自成毫无察觉，当大批骑兵路经此处，马蹄踩中酒罂，陷了进去，惊得马匹乱踢，后边的马也跟着乱踢起来，一下子踢得石灰飞扬，人马被石灰呛得睁不开眼，埋伏在西山的吴军只虚声呐喊，结果把农民军队伍搞得大乱，互相挤压、撞击，在慌乱中争先逃命……【《国榷》，卷101，6081页；《平寇志》，卷11，249页。】
李自成和他的广大战士，如一过客，来也匆匆，去也匆匆，他只作了北京的新主人不过四十一天，才当了两天皇帝，便带着终生的遗憾去了。然而这短暂的四十一天，将永载于史册之中！
吴三桂欲乘农民军混乱之际，拥兵进城。多尔衮不同意，据当时传闻：“三桂与□□力争，不令其众入城”，只许各将领与三桂保护明太子入城。这都是谣传，实际情况是，三桂并未入城，明太子也未被三桂控制，他受多尔衮指令，率部“绕（北京）城而西”，随同阿济格、多铎追击农民军去了。【《甲申核真略》，37页。】
吴三桂及其所部作为先头部队，先到北京，多尔衮却不准他入城，令他去追农民军。表面看，军情所急，似无疑问。但稍作分析，这里面大有文章。清朝日日夜夜梦想夺取北京，当北京唾手可得时，多尔衮宁可虚城以待，却不让三桂夺取。照理说，他已知道农民军弃北京西撤，城内情况如何？是否有可能被他人占领？在这种未卜吉凶的情况下，他本来应让三桂率部先入城，探虚实，肃清农民军余部，为后续的清军廓清进城的道路。这对清军是有利的。还有，多尔衮也明知三桂的家属都在北京，三桂入京心情甚切，是人之常情。多尔衮从笼络汉人出发，可以体恤三桂先入城的。但事实正好相反，他把北京留给自己去占领。
这里就提出一个问题：多尔衮不准吴三桂先入城，到底出于何种动机？各书都载三桂坚持要明太子、永王、定王。目的是扶植太子即帝位，重建大明政权。这当然是清朝所不能允许的。多尔衮看得很明白，谁先入北京，谁就会占优势。如果三桂先入京，成了新主人，“建虏将不复纳矣”【《国榷》，卷101，6084页。】，即使清兵随后入城，那么，就将清兵置于“客兵”的地位，它就难以实现很早就确定的政治目标。这又使我们联想到，三桂与多尔衮在山海关威远台谈判时，已约定三桂拥立明太子为帝，划黄河为界。足智多谋的多尔衮不便明显反对，便借口农民军势大，急需追击，就把三桂打发走了，他自己却从容进城，从而把北京牢牢控制在自己手中。
吴三桂自山海关出发，向北京进军时，曾发布文告，要求京城百姓摆香案、穿素衣，为崇祯发丧。这一消息，不胫而走，哄传三桂在山海关大战中夺得太子朱慈烺，进京后，就把他嗣立为新君。都人于久乱之中渴望得到安定，所以对三桂拥太子入京抱有某种期望。这时，人们还不知道吴三桂已降清，对他请兵报君父之仇无不怀有感激之情。为讨好三桂，米巷的商人们自愿出资，凑集在一起，联合为三桂家办丧事，共购买了三十四口棺木，壮年以上的，每棺价值百余两白银，小孩所用棺木，每棺值三四十两白银。又给死者每人置衣衾，穿戴整齐入殓，总共花费数千两白银。【《甲申核真略》，38页。】这个数目，相当可观，三桂对商人此举，一定感到高兴。
从自成退出北京，到多尔衮进城，其间三天，北京真正成了无主之城，于是明旧官纷纷出来维持社会秩序，在朝阳门预备法驾，迎接太子朱慈烺。
五月二日【多尔衮进北京时间，如《国榷》、《明季北略》、《甲申核真略》等书都记为五月三日，惟《清世祖实录》，卷5，1~2页记为五月二日，今从之。】，都中士民出朝阳门外，跪伏道旁，迎接东宫太子。谁料，从辇中出来、换乘肩舆的人，却是“胡服颀身”，根本不是东宫太子。来者不是别人，正是摄政王多尔衮！“臣民相顾失色”，不胜惊讶时，多尔衮所辖满洲正白旗兵已在部分关、宁兵的引导下，傲然入城，城头各处遍插白旗。【《国榷》，卷101，6083页。】有些还有点气节的官员，骇愕之中悄悄溜走，有一部分官员将错就错，把多尔衮迎接进宫。