贝·布托第一执政时，于1988年12月与当时的印度总理拉·甘地签署了互不攻击对方核设施的协议、这是自1972年佐·阿与英·甘地总理签署《西姆拉协定》以来印巴两国签署的第一个友好协议。此后巴印关系有所改善。
1993年贝·布托再次就任总理前，曾表示她将不支持印占克什米尔地区穆斯林的分离活动，受到印度政府谨慎的欢迎。但是，巴基斯坦对印外交政策的制定一直控制在军方的手里。军方一般对印度态度强硬，且克什米尔问题一直未能得到很好解决，所以巴印关系在贝·布托第二次上台后仍是矛盾纷呈、错综复杂。
贝·布托于1993年10月19日第二次就任巴基斯坦总理。此前几天克什米尔就发生了直接影响巴印关系的哈兹技拉特巴尔清真寺风波。
这次风波的起因是印度军队干10月15日午夜出动1万名军人，包围了印占克什米尔首府斯利那加的哈兹拉特巴尔清真寺。印度政府对采取这一行动作出的解释是，有好斗分子企图把供在哈兹拉特巴尔清真寺的圣物——一伊斯兰教祖穆罕默德的一根胡须偷走，因为供着圣物的那间房子的两把锁被人换了。印军围困清真寺的第二个理由是，穆斯林好斗分子在那里储存了大量武器，并且在该清真寺里对被他们抓起来的人进行审讯和搞恐怖活动。印度政府认为，上述两种行为都是亵渎行为，必须加以制止。据当地居民说，印军在包围这座清真寺之前作为一种警戒措施，在斯利耶加的7个地区实行了宵禁。然而，清真寺内的穆斯林好斗分子却不断向外打枪，打死一名过路学生。在印度军队包围清真寺之后，斯利那加的好几个清真寺的广播喇叭不断发出抗议声。同时，一些示威者无视宵禁令，走上街头抗议印军的行动，从而引发紧张局势。
10月16日，哈兹拉特巴尔清真寺所在地响起了爆炸声，爆炸引起的大火烧毁了清真寺附近的一个图书馆和一些建筑物。但清真寺本身并未受损。印度总理拉奥在事件发生后说，火是穆斯林好斗分子放的，他们已经在那里好几个星期了，并在那里储藏了大量武器。由于这是一个敏感地区，因此军队迟迟未采取袭击行动。参加同印度当局谈判的两名穆斯林好斗分子说，寺里有250到300人，其中包括妇女和儿童。印度军方人士说，清真寺里面至少有50到100名好斗分子，在被包围后，有些好斗分子要投降，但受到另外一些人的阻拦。
10月17日，清真寺内的穆斯林好斗分子和寺外包围的印军仍处于对峙状态。面对重围，好斗分子威胁说，如果印军发动袭击，他们就要炸掉清真寺。并且拒绝无条件投降。他们还要求印度当局解除在斯利那加的宵禁，要当局允许他们把圣物交给穆斯林神职人员。好斗分子通过克什米尔一位高级官员哈比布拉和当局进行谈判。在两轮谈判均告破裂之后，10月18日，印度政府向已经断水断电的这座清真寺周围又增派了军队，并且将轻型火炮、火箭推进器和迫击炮开到清真寺附近。军队进一步向清真寺推进，断绝了好斗分子的退路。
10月19日，印度军队呼吁好斗分子放出清真寺内的妇女和儿童，们遭到拒绝。同时，大约有500名好斗分子的支持者上街示威，他们高呼着“冲破包围”的口号向清真寺进军，但被警察驱散。
10月20日，双方仍处于对峙状态，局势越发紧张。大约有6000名克什米尔人举行抗议活动，并高呼要“解放”哈兹拉特巴尔清真寺的口号。当警方和准军事部队用催泪瓦斯和棍棒驱赶示压威者并鸣枪警告时，有50人受伤。
在印度军队于10月15日包围哈兹拉特巴尔清真寺后，即将就任巴基斯坦总理的贝·布托以最激烈的措辞指责印度军队的包围行动。巴基斯坦外交部抨击说，这一行动是“蛮横的渎圣行为”，这只会“坚定被印度占领的克什米尔地区人民继续进行自决斗争的决心”。印度政府也以最激烈的措辞进行还击，指责巴基斯坦政府在克什米尔地区制造混乱。同日，巴基斯坦驱逐了4名印度外交官。
10月18日，印度政府以从事间谍活动为由驱逐了巴基斯坦两名外交官和两名高级专员公署工作人员，以对前一天巴基斯坦驱逐印度外交官进行报复。
印度政府在10月19日又指责说，好斗分子占据清真寺是巴基斯坦的一起阴谋，以破坏这个圣地，进而在克什米尔地区制造动乱。与此同时，印占克什米尔联邦政府也指责说，该清真寺内有巴基斯坦人，这是寺内好斗分子不肯投降的主要原因。同时拉奥总理也指责说，好斗分子之所以不投降，是由于他们得到藏在寺内的巴基斯坦人的支持。
为了缓和紧张局势，拉奥总理10月20日告诉刚上任的巴基斯坦总理贝·布托说，印度希望就克什米尔问题进行全面对话，以解决包括克什米尔在内的互相关心的所有问题。贝·布托表示同意。尽管印巴双方已同意在塞浦路斯进行高级对话，但是，10月21日，印度军队和寺内的好斗分子的对峙越发严重，谈判仍陷于僵局，斯利那加的抗议活动仍在持续，印巴关系极度紧张。
10月22日，为声援穆斯林好斗分子，在比吉比哈拉约有3万人的队伍向哈兹拉特巴尔清真寺进军，途中有28人被枪杀。在斯利那加，成千上万的人走上街头，高喊“解除包围”。在斯利那加的萨法卡达尔地区，示威群众组成了一支2万人的队伍，向10公里外的哈兹拉特巴尔清真寺进军。在他们到达目的地之前，军队朝他们开了枪，7人被打死。贝·布托总理强烈谴责这些流血事件，并说这使她对印度关于愿意和谈的表示产生了怀疑。这位巴基斯坦女总理在英联邦首脑会议期间对记者说：“虽然他们表示要会谈，但却有更多的人被杀害。”
10月28日，巴基斯坦和印度在有争议的克什米尔地区停火线一带加紧相互炮击行动。巴基斯坦外交部说，印度武装部队加紧对靠近停火线的平民区进行炮轰，企图转移世人对其军队包围哈兹拉特巴尔清真寺内武装穆斯林的注意力。印度国防部的一位发言人则说，巴基斯坦军队加紧炮轰印度边境村庄和军事据点，力图使印度安全部队和好斗分子在哈兹拉特巴尔清真寺出现的13天之久的僵持局面国际化。
哈兹拉特巴尔清真寺风波使巴印之间的关系下降到一个新低点，但双方都希望避免发生大的对抗。
1993年10月24日深夜，出席塞浦路斯英联邦会议的印巴两国代表紧急磋商，终于达成了协议，使紧张局势出现了一丝转机。
11月初，贝·布托宣布暂停巴基斯坦的核计划。但是，这一决定触动了全国的神经，并且使人想到了贝·布托的父亲，前总理佐·阿·布托曾经发誓要不惜一切代价为巴基斯坦制造一颗原子弹。佐·阿·布托曾说：“如果印度研制原子弹，我们也必须研究原子弹，即使我们吃草和树叶或忍饥挨饿，也在所不惜。”因此，贝·布托的话刚一出口就立即遭到反对派的群起而攻之，他们指责贝·布托损害国家利益。在这种情况下，11月24日，贝·布托排除了削减巴基斯坦核计划的任何可能性。她说，巴基斯坦发展核力量是为了威慑印度。
同一天，巴基斯坦外交秘书哈里亚·穆罕默德·汗和印度外交秘书迪克西特在一项联合声明中说，他们将从1994年1月1日起开始在伊斯兰堡举行为期3天的会谈。巴基斯坦外交部一些官员表示对会谈取得进展不抱多大希望，巴基斯坦将重申让克什米尔人民自决的要求。
进入1994年，印巴在克什米尔问题上仍是吵闹不休，边境冲突迭起。
1月27日，印度军队在印占克什米尔打死21名穆斯林居民。
2月5日，巴基斯坦举行全国总罢工，声援克什米尔穆斯林反对印度统治的斗争，数万人在拉瓦尔品第举行集会。
同时，在边界的另一边，数以万计的印度人上街游行，抗议伊斯兰堡对印占克什米尔分离主义者的支持。
在卡拉奇，警察以催泪弹和棍棒驱赶企图向印度领事馆进发的示威者。在伊斯兰堡，一个在印占克什米尔进行战斗的激进组织的7名成员，在印度使馆外面举行了两个小时的静坐示威。这一天，巴基斯坦的所有政府部门、商业银行、私营企业、市场和商店，甚至饭馆都关闭了。
伊斯兰堡的报纸说这一天的行动主要是抗议印度总统夏尔马对贝·布托的人身攻击。夏尔马说贝·布托“已丧失了印度、巴基斯坦和所有宗教美德的基本价值”。巴基斯坦报纸发表的官方声明说：“这一人身攻击不仅是毫无根据的，而且也违背了有关两个主权国家之间文明行为的准则。”巴基斯坦外交部也将一份抗议照会交给了印度驻伊斯兰堡高级专员。
3月20，巴基斯坦外交部发言人说，“由于印度当局采取不合作和消极的态度”，巴基斯坦决定关闭驻印度孟买的领事馆，决定“立即生效”。同一天的巴基斯坦报纸援引巴基斯坦一位高级军官的话说，印度计划同巴基斯坦打一场“有限战争”。巴基斯坦虽未在其边界一方部署重兵，但是“能够有效地对付敌人的威胁”。他还说印度在克什米尔拥有大约60万军队。
5月8日，贝·布托到西北边境省阿伯塔巴德城视察时说，巴基斯坦希望边境安宁，但是不会向任何人屈服，不会为了友谊而放弃原则。贝·布托说：“克什米尔属于克什米尔人，只有克什米尔人才能决定他们的命运。”“我们已经看到柏林墙的倒塌、苏联的解体，现在我们又将目睹当选南非总统的纳尔逊·曼德拉的就职典礼。这表明想通过镇压来征服克什米尔人的企图是注定要失败的。”贝·布托向克什米尔人保证，巴基斯坦政府、武装部队和人民将继续支持其“自由斗争”。
此后，印巴两国之间的舌战逐渐升级。
8月14日，巴基斯坦总理贝·布托在独立日这一天把克什米尔争端比喻成南亚次大陆分治遗留下来的“未完成的议事日程”，并说伊斯兰堡总是支持反抗印度统治的克什米尔人。
8月15日，印度总理拉奥在印度独立47周年之际向全国发表的电视讲话中称，贝·布托的讲话证明伊斯兰堡正在援助穆斯林好斗分子。拉奥坚持要求得到整个被冲突困扰的克什米尔地区，说伊斯兰堡必须把它占领的克什米尔地区归还给新德里。
8月30日，巴基斯坦宣布驱逐印度驻卡拉奇领事馆的领事j·j·辛格。当天的晚些时候，印度外交部一位高级官员召见巴基斯坦驻印度使馆副高级专员，并通知他印度要把巴基斯坦高级专员公署的一秘贾维德·艾哈迈德驱逐出境。印度和巴基斯坦都说，受牵连的外交官是因卷入与其官方身份不相符的活动而被驱逐的。印度和巴基斯坦互相驱逐外交官之后，关系变得日趋紧张。
8月31日，巴基斯坦指责印度支持恐怖活动，竭力想搞乱这个国家，声称“如果南亚存在一个恐怖国家，那就是印度”。印度政府则指责巴基斯坦去年在孟买策划了一连串的炸弹爆炸事件，一天之内就炸死了300多人。印度还指责巴基斯坦向那些正在查谟和克什米尔邦进行叛乱活动的反叛分子提供武器。巴基斯坦否认了这些指控。印度人民党的发言人夏尔马在这一天说：“印巴局势正日趋紧张……很清楚，克什米尔是争端的根本起因。改进两国关系的唯一具体步骤可能是根据谈判解决这个问题。”
12月2日，在克什米尔南部城市查谟附近的边界地区，印度和巴基斯坦军队相互交火，至少有4人丧生。此后交火事件时断时续，但没有引发大规模武装冲突。
12月27日，巴基斯坦关闭印度在卡拉奇的总领事馆。贝·布托总理称这一决定是“令人不快的”，但为了国家安全而不得不做出这一决定。贝·布托在卡拉奇向一群学生演讲时说，巴基斯坦政府有“无可辩驳的”证据可以证明印度领事馆卷入了卡拉奇的“恐怖”活动。贝·布托说，几名被捕的恐怖主义分子已经承认他们在印度受过训练。她说，“恐怖主义”必将迫使巴基斯坦放弃它在克什米尔问题上的立场。
印度对巴基斯坦的决定提出了抗议。印度指责巴基斯坦因自己未能控制卡拉奇的暴力活动而关闭印度在这个港口城市的领事馆的做法。印度外交国务部长古南丹·拉尔·巴蒂亚说，巴基斯坦的这种举动“违背了所有的外交准则”。他说印度再三提出与巴基斯坦举行会谈，以解决包括克什米尔问题在内的所有争端。“尽管巴基斯坦最近采取了这样的行动，但是我们的态度将不会改变。”
印巴两国在争吵中度过了1994年。然而，进入1995年，两国的关系仍难以平静。
新年伊始，l月15日，印度政府便要求巴基斯坦在一个月之内从驻新德里使馆撤走15名外交人员。巴基斯坦认为，印度此举是为了报复巴基斯坦在1994年年底，以印方涉嫌卡拉奇恐怖活动为由下令关闭印度驻卡拉奇总领事馆。
进入1995年，卡拉奇的恐怖流血事件日益增多，并不断升级。对这一系列暴力事件，贝·布托和巴基斯坦其它高级官员指责印度是插手恐怖活动的势力之一。贝·布托在3月11日说：“我们抓住了一些人，这些人都在国外受过训练。”她指的显然是印度。
印巴两国围绕克什米尔问题的争端，引起了国际社会的极大关注。人们担心这场争端引发第四次印巴战争，给南亚的局势带来更大的震荡。英美等国参与了调解印巴矛盾的活动。1995年刚一开始，英美便在制止印巴滑向对抗方面做出了努力。
l月9日，英国外交大臣道格拉斯·赫德在伊斯兰堡呼吁印度和巴基斯坦以和平方式解决克什米尔问题。他在举行的记者招待会上说：“巴基斯坦和印度之间应就克什米尔问题进行对话，只有采取政治的而非暴力的方式并停止一切外部力量对暴力活动的支持，才是解决克什米尔问题的途径。”他还强调应该派国际观察员进入克什米尔地区。
l月15日，贝·布托总理在伊斯兰堡会见了来访的美国国防部长威廉·佩里。佩里听取了贝·布托对当前印控克什米尔局势的介绍。针对贝·布托要求美国为解决克什米尔问题发挥更大作用的建议，佩里向贝·布托保证美国将公正和公平地处理它与巴基斯坦和印度的关系。6月24日，美国驻印度大使及五名美国高级外交官抵达克什米尔，进行为期四天的访问，以使掌握有关克什米尔问题的第一手材料，评估居间调停的可能性。
然而，印巴双方在克什米尔问题上的立场是难以弥合的。印度总理拉奥对国人说：“不管有还是没有巴基斯坦，克什米尔总是印度不可分割的一个组成部分。”贝·布托则反唇相讥，她说：“从地理和政治上讲，巴基斯坦如果没有克什米尔就是不完整的。”
印巴两国人民在经历了三次战争之后，都渴望和平，希望克什米尔问题能够得到和平解决。
1995年2月23日，印一巴和平与民主人民论坛发起召开民间讨论会，来自两国的2000名新闻界、学术界、文艺界、医务界、律师组织及促进和平与和睦事业组织的人士参加了为期两天的会议。会议呼吁印巴两国政府结束“对抗政治”，采取积极步骤促进查谟7—克什米尔地区实际控制线两边的和平，并在这一地区建立民主进程。会议认为，双边争端不应诉诸武力。两国应共同努力，“均衡裁减常规部队”，增加双方在上述地区兵力的“透明度”。
克什米尔呼唤和平。然而，印巴双方在克什米尔问题上的深刻而复杂的矛盾，难以在短时期内弥和。尽管两国政府和人民都有和平的愿望，但事物的发展却是不以人们的意志为转移的。
1995年5月，印巴两国围绕克什米尔问题，争端再起，关系又趋紧张。
5月11日黎明，在印占克什米尔圣城沙拉尔谢里夫，印军同要求克什米尔从印度统治下独立的穆斯林分离主义者之间再次发生了大规模流血冲突。在激烈的冲突中，克什米尔最神圣的地方之一谢赫·努尔丁·瓦利圣寺被大火焚烧，受到严重毁坏。谢赫·努尔丁·瓦利是克什米尔的守护神，它受到居住在克什米尔的所有居民包括穆斯林、印度教徒和锡克教徒的尊崇。因此，已有650年历史的谢赫·努尔丁·瓦利圣寺被毁，触动了克什米尔最敏感的神经，激起了各方的强烈反应，并再次引发印巴两国间的紧张关系。
事件发生后，巴基斯坦政府严厉谴责印度毁坏圣寺的行径。巴基斯坦外交部在一项声明中说：“巴基斯坦政府谴责这种有意公开侮辱全世界穆斯林良心的渎圣行径。”声明敦促印度政府“结束在被占克什米尔的镇压行径，撤走其规模巨大的占领军，允许克什米尔人民享有联合国决议所保证的决定自己的未来的权利。”在巴基斯坦各地和克什米尔巴方控制区，愤怒的穆斯林群众举行了抗议活动。
印度政府在事发后指责巴基斯坦策划了毁坏圣寺的事件，并警告巴基斯坦不要干涉印度的内政。印度内政国务部长皮洛特说，如果伊斯兰堡不停止支持克什米尔闹分裂的游击队，就对巴基斯坦采取报复行动。针对穆斯林分离主义组织扬言要对印度城市发动城市游击战以报复圣寺被毁，印度政府加强了其与巴基斯坦边界的警戒，并说它有能力反击穆斯林分离主义渗透者对印度的任何恐怖主义袭击。
5月13日，针对印度内政国务部长皮洛特对巴基斯坦发出的含蓄的战争威胁，巴基斯坦政府呼吁联合国所有成员国对印度施加压力，以制止其对伊斯兰堡发出战争威胁，并使其在处理有争议的克什米尔地区问题上表现出克制态度。巴基斯坦外交部长艾哈迈德·阿里在伊斯兰堡对记者说：“请敦促印度不要对巴基斯坦发出战争威胁，敦促它保护宗教圣地并保证克什米尔人民的人权。”阿里说，皮洛特最近发表的“非常不负责任的讲话破坏了这一地区的政治和安全气氛”，“印度领导人每当自己的如意算盘破产时，就开始对巴基斯坦进行威胁，这已经成了他们长期以来的惯用伎俩”。巴基斯坦不得不认真对待印度发出的战争威胁。
事件发生后，尽管印度当局在印占克什米尔首府斯利那加实行了戒严，但一些好斗的穆斯林不顾严厉的戒严令，同印度保安部队继续发生冲突。5月14日，在斯利那加的至少8个地点仍有成群的人朝保安部队投掷石块，局势仍很混乱。查谟和克什米尔邦政府发言人说：“克什米尔谷地的气氛令人痛心。”
谢赫·努尔丁·瓦利圣寺被毁事件也在印度国内引起强烈震动。在5月15日举行的议会会议上，印度反对党因拉奥总理未能阻止在克什米尔发生的圣寺被毁事件而一致要求拉奥总理引咎辞职。反对党指责拉奥总理把克什米尔穆斯林反政府活动处理得一团糟。他们还要求对拉奥政府进行不信任投票。
印巴两国在克什米尔问题上的争端，近年来已主要集中在印占克什米尔地区穆斯林群众争取从印度的统治下独立出来而与印度进行的斗争上。自1990年以来，穆斯林群众与印度治安部队之间的冲突时断时续，已造成上万人伤亡。这不仅造成印占克什米尔地区局势的混乱，也导致了印巴两国关系的紧张。印度指责巴基斯坦支持穆斯林分离主义分子，干涉了印度的内政。巴基斯坦则谴责印度政府在印占克什米尔践踏人权，剥夺了人民的自决权。两国相互攻讦，互不相让。
由于克什米尔问题对印巴两国来说都涉及根本利益，势在必得，因此，40多年来，这一问题一直得不到根本解决。印巴两国历届政府都不敢在这一问题上轻易让步，因此，它的彻底解决尚需时日。无论对巴基斯坦的贝·布托政府还是对印度的拉奥政府来说，克什米尔问题都是令人头疼的最棘手的问题。印巴两国在克什米尔问题上一直变奏着战争与和平的旋律。在经历了三次战争之后，印巴两国人民都渴望和平，国际社会也强烈希望印巴两国和平解决争端。因此，印巴两国今后在克什米尔争端上将会以和平解决为主旋律，但会不时出现颤音。
克什米尔呼唤和平！
与克什米尔问题引发的印巴关系紧张密切相关的，是印巴两国的军备竞赛问题，特别是核问题。原子弹，这一人类头顶上高悬着的达摩克利斯之剑也给印巴关系蒙上了厚厚的阴影。
印度和巴基斯坦是否已拥有核武器，还没有得到证实。但是，毋庸置疑，它们已拥有研制核武器的能力。
不参加防止核扩散条约、独自进行核武器研制的印度，已于1974年在拉贾斯坦邦波卡兰进行过核试验，并取得了成功。印度研制核武器的中心机构原子能委员会主席巴拉姆，1994年5月在接受有影响的杂志《今日印度》的采访时，虽然没有直接谈及印度是否在制造核武器，但是他说：“印度拥有广泛的核技术，没有办不到的事”。
同样没有参加防止核扩散条约的巴基斯坦，为了与印度抗衡，早在前总理佐·阿·布托在任的70年代就已着手其核计划。据巴基斯坦前陆军参谋长贝格说，巴基斯坦在1987年就掌握了制造核武器的技术。
印巴两国都强调研究核技术目的是和平利用，但是都不否认当国家的安全受到威胁时核能力将起遏制对手的作用。
尽管美国以巴基斯坦核计划的目的不清为由对它实施制裁，但由于巴基斯坦在国家安全方面所面临的问题，它的核计划得到了国民的支持。因此，贝·布托如果单方面在核问题上让步，就会招致国民的反对。对巴基斯坦政府有巨大影响的军方首脑人物陆军参谋长阿布尔，瓦希德强调：“不能以牺牲国家利益去换取f一16战斗机。”
1994年1月，巴基斯坦外交部长艾哈迈德·阿里在访问乌兹别克斯坦期间举行的记者招待会上说，除非伊斯兰堡同新德里之间就印占克什米尔的争端得到和平解决，否则可能爆发战争。南亚一直存在着爆发（印巴）第四次战争的危险。如果南亚爆发战争，可能会是一场核战争。
2月17日，英国《简氏防务周刊》刊登一篇题为《巴基斯坦和印度正在展开一场危险的导弹竞赛》的文章。文章说，据印度空军司令考尔说，印度目前正在扩大其雄心勃勃的导弹计划，其中包括一个反导弹系统。文章称，印度和巴基斯坦竞相研制能够打到对方领土纵深地带的导弹，它们互相谴责对方研制可以携带核弹头的导弹。显而易见，印度和巴基斯坦都有能力制造核武器，两国目前都在研制先进的运载工具。
印度的“普里特维”导弹是印度综合导弹发展计划中的五种导弹之一，其射程为250公里，可以携带250公斤或500公斤的弹头。另一种射程为150公里，有效载荷为1000公斤“普里特维”导弹被列为短程液体燃料推进剂导弹，1993年实地试射获得成功，在1994年1月新德里举行的共和国日阅兵式中首次露面。“烈火”式导弹是一种中远程液体推进剂单弹头导弹，已经试验过两次，射程为2500公里，可以打击巴基斯坦纵深目标。印度正在研制或已服役的导弹还有：“特里苏尔”低空地对空导弹、“蓝天”低中空地对空导弹和“毒蛇”反坦克导弹。
与此同时，巴基斯坦的导弹计划也在紧锣密鼓地进行。巴基斯坦自己研制的“哈塔夫”导弹分为3个型号，其射程从60到600公里不等，有效载荷都超过500公斤，而这是核弹头最起码的重量。“哈塔夫一2型”和“哈塔夫一3型”两级固体燃料推进剂导弹的射程分别为300公里和600公里，有效载荷最大可达1000公斤，且可携带核弹头，对印度构成的威胁最大。
1994年6月4日，印度新型的“普里特维”地对地导弹试验成功。贝·布托总理对此极为关注，她在次日说：“巴基斯坦正密切注视着形势的发展，我们将做所有必须做的事情。”
1994年8月23日，巴基斯坦前总理谢里夫在克什米尔巴方一侧的尼拉布特镇群众大会上说，印度如对克什米尔发动进攻，那将在南亚触发一场核战争，因为印度和巴基斯坦都拥有原子弹。他说：“我证实巴基斯坦已拥有原子弹。”此言一出，立刻激起轩然大波。印度立即于24日要求国际社会采取行动制止谢里夫所说的巴基斯坦的核武器计划。巴基斯坦贝·布托政府愤怒而迅速地否认了谢里夫的说法。外交部长艾哈迈德·阿里说：“我们没有核武器，我们也不打算制造核武器。”新闻部长哈拉勒也说，巴基斯坦主张和平共处和核不扩散，“我们的核计划完全是为了和平目的”。
8月26日，印度一位内阁部长说，印度将考虑在它与巴基斯坦边界部署“常规和非常规武器”，以对付伊斯兰堡的核武器计划构成的威胁。此前，印度外交国务部长萨勒曼·库尔希德说，印度已经“为了安全考虑，保留了（核）选择。这就是我们为什么没有签署核不扩散条约的原因。但是，我们从未声称拥有原子弹。”
8月27日，巴基斯坦重申了它在12年前首次表示过的意愿：如果印度愿意放弃核武器，巴基斯坦也愿意这样做。外交部一位发言人说：“巴基斯坦仍然准备同印度一起放弃核武器。”他说，如果印巴一起禁止核武器，将有助于缓和在克什米尔问题上的紧张局势，还将有助于促进建立南亚无核区和从这个地区彻底消灭所有大规模毁灭性武器。
9月15日，正在马德里访问的贝·布托总理在记者招待会上说，巴基斯坦之所以没有在核不扩散条约上签字，是因为需要对印度保持一种威慑力量。她说，印度已经试爆过一个核装置，给该地区构成了威胁。这位女总理说：“我们的核计划是为了和平目的。我们主张实行核不扩散。我们曾建议实现区域无核化，我们将继续这样做……印度是一个威胁。巴基斯坦拥有制造原子弹的技术，我们希望这能对印度起到震慑作用。”
1990年10月，在美国因巴基斯坦“可疑的核计划”而断绝了对巴基斯坦的军事援助之后，巴基斯坦到处选购它原本希望从美国得到的f—16战斗机，以加强空军的战斗能力。
1994年9月23日，贝·布托会见了来巴基斯坦访问的法国国防部长莱奥塔尔，二人谈了一个多小时。贝·布托在会谈中说自己希望在今后几周出访巴黎，详细讨论向法国购买战斗机事宜。贝·布托说，购买战斗机是巴基斯坦的“头等大事”。莱奥塔尔与巴基斯坦国防部长米拉尼已于21日签署了一项价值为i0亿美元的关于法国向巴基斯坦出售3艘常规动力潜艇和数目不详的sm－39型导弹协议。
印度对法国和巴基斯坦签订的武器协议表示严重关切。印度外交部外事秘书克里斯·斯里尼瓦桑对记者说：“法国（同巴基斯坦）的交易严重地影响了邻国之间的平衡与安全，增加了紧张气氛。”他说：“伊斯兰堡的行动，特别是作为印度的近邻，引起了印度的极大担忧，国际社会应对这个问题给予高度重视。”
1994年12月1日，印度外交秘书克里斯·斯里尼瓦桑指责莫斯科正在与巴基斯坦谈判出售苏一27战斗机。然而，俄罗斯否认了这一指控。此前，印度已与俄罗斯就印度购买50架米格一29战斗机的交易进行了谈判。
巴基斯坦和印度的军备竞赛与核问题在1995年显露出一丝得到弱化的希望。
1995年2月27日，印度和巴基斯坦的核专家在西印度的果阿邦举行了罕见的地区裁军会谈，双方都声称会谈取得了重大进展，并将在伊斯兰堡举行下一轮会谈。参加这次会谈的还有中国和美国的防务专家。巴基斯坦的一名代表在会谈后说：“印度方面同意与巴基斯坦举行地区会谈本身就已十分令人满意。”
1995年4月17日至5月12日，世界上178个国家的代表在纽约联合国总部就是否延长已到期的《不扩散核武器条约》举行了会议。会议期间，美、俄、英、法、中五个核国家分别发表了国家声明，以不同的方式对世界上的无核国家作出了安全保证。5月12日，大会通过决议，决定无限期延长《不扩散核武器条约》。决议说：“大会承认本条约的效力，并声明有必要完全遵守本条约，有必要延长并普遍恪守本条约，这对于国际和平与安全、实现彻底销毁核武器的最终目标以及签订一项在严格有效的国际监督下全面彻底裁军的条约极为重要。”
然而，并不是世界上所有的国家都赞成《不扩散核武器条约》。一些持反对意见的国家，指责《不扩散核武器条约》未达到预期的效果，而且是不公正的。它们提出反对的主要理由是，该条约片面禁止无核国家研制和拥有核武器，而却任凭核大国不断更新和部署核武器、实行核垄断的“只许州官放火，不许百姓点灯”的不公正的作法。有希望生产出或能够得到核武器的国家如印度、巴基斯坦、以色列及所谓处于“核门槛”上的国家都拒绝签署《不扩散核武器条约》。
对于印巴这两个相互敌视和猜忌情绪根深蒂固的国家来说，各自都把研制和拥有核武器当作保障国家安全的头等大事，都想以核武器威慑对方，因而两国都难以放弃各自的核计划。虽然美国等核大国试图通过施加压力的办法迫使印巴两国放弃核计划，但只要印巴两国关系未得到根本改善，任何这方面的努力都是徒劳的。
印巴两国中处于弱势地位的巴基斯坦，其国防理论认为，由于印度在综合国力及常规军事力量方面占有绝对的优势，因此，巴基斯坦只有拥有核武器才能威慑住敌手，保障国家安全。同对克什米尔问题的立场一样，巴基斯坦在核问题上的立场也是从道义出发的，得到了全国的拥护和认同，因此，这种立场是不容改变的。无论哪届政府在这个问题上都没有选择的余地，除非它不想再干下去。
1995年4月8日，美国《华盛顿邮报》报道说，巴基斯坦正在悄悄地建设一个核反应堆。这个反应堆将最终使巴基斯坦能获得大量的钚，以制造比他们现在所拥有的更强大和更小型的核武器。这个项目已建设了若干年，将在1996年或更晚些时候完成，但巴基斯坦一直没有公开这个计划。该报记者为此还采访了正在美国进行正式友好访问的巴基斯坦总理贝·布托。贝·布托说，这是一个试验用的小反应堆。巴基斯坦不具备加工处理反应堆已用过的燃料以分离出钚的能力。她强调说：“我们没有生产钚的计划。”但她明确表示，只要印度继续保持它的核计划，巴基斯坦也不会放弃核计划。
对于印度来说情况也同样如此。印度也以巴基斯坦放弃核计划为自己停止核计划的前提条件。事实上，印巴双方如果都坚持以对方放弃核计划为自己停止核计划的前提条件的话，那么，双方的核计划都不可能停止，因为没有哪一方敢于冒被对手愚弄的危险而首先放弃核计划。这便使印巴关于核问题的僵局走进可怕的恶性循环之中，难以解脱。
1995年5月16日，印度总理拉奥在对人民院的讲话中宣布，印度正在考虑部署新型的“普里特维”地对地中型导弹。他强调说，不管来自外部的劝说还是压力，印度要坚持自己的导弹发展计划。
此言一出，立即激起巴基斯坦的强烈反应。巴基斯坦外交部发表声明说，如果印度部署导弹，巴基斯坦将作出反应。巴基斯坦外交部长艾哈迈德·阿里在国民议会上说，印度今年将其国防开支增加20％，并且已经建立了强大的海军，以便控制印度洋。阿里猛烈抨击印度“大规模集结武器”以及发射和准备部署中程“普里特维”导弹。他说，“普里特维”导弹的射程为250公里，这说明它是专门针对巴基斯坦的。他警告说，巴基斯坦不会听任印度取得战略战术优势。“巴基斯坦将采取一切手段保卫其领土。”巴基斯坦总统莱加里也警告印度不要部署“普里特维”导弹。他说，部署这种导弹是危险的，将加剧紧张局势。巴基斯坦正在被拖入一场它不愿参加的地区军备竞赛。
1995年6月11日，印度总理拉奥到达巴黎，开始对法国进行为期4天的正式友好访问。拉奥在当晚接受法国最有影响的《费加罗报》的记者采访时说：“巴基斯坦人有原子弹，找们没有。”“当然，找们拥有立即生产原子弹的手段，但是到目前为上，我们从没想过要迈出这一步。”拉奥明确表示：“现在，所有的人都希望我们签署《不扩散核武器条约》，但我们认为，在目前的情况下，我们不可能就这样放弃我们的核威慑。”他还补充说：“我们很担心巴基斯坦的核计划。我们已经试图提醒国际社会注意这一危险。”
6月24日，巴基斯坦总统莱加里表示，在印度已拥有中程“普里特维”导弹并已部署在两国边界的情况下，巴基斯坦将保留选择发展导弹的权利。
由于印巴两国在核问题上的立场尖锐对立，因此，双方的军备竞赛难以停止，在克什米尔问题上的对立情绪也难以消除。虽然印巴关系时好时坏，有时甚至紧张到一触即发的地步，但两国政府和人民都不愿意发生新的战争。如何维护印巴两国的和平是摆在两国领导人面前最为紧迫和重要的外交问题，也是对他们的领导能力的最严峻的考验。
贝·布托早在哈佛大学读书时，就曾在1972年6月陪同父亲佐·阿·布托总统赴印度西姆拉与印度总理英·甘地夫人举行首脑会谈，亲身经历了处理巴印关系的那次最重要的会谈。因此，巴印关系问题对贝·布托来说是她最熟悉、最有切身感受的外交问题，但也是最困难、最棘手的问题。
巴印关系问题一直占据着贝·布托政府对外政策的核心位置，是对贝·布托外交谋略和能力的一种长期的考验。它需要胆识和谋略，但也需要历史机遇。只有胆识和谋略而没有合适的历史条件，政治领导人只会成为悲剧英雄；而在具备了历史条件后，政治领导人如果缺乏胆识和谋略，则是历史的不幸。
人们期待着在巴印关系问题上这两方面条件都具备的那一天。